Losujícími budou předseda FAČR Petr Fousek a manažerka obsahu O2 TV Anna Lenerová.

Ve 4. kole losuje Řídící orgán Poháru herní dvojice s tím, že kluby jsou rozděleny podle úrovně soutěže v probíhajícím ročníku a umístění v mistrovských soutěžích v předcházejícím ročníku na „nasazené“ a „nenasazené“.

Organizátorem utkání je prvně vylosovaný klub bez ohledu na úroveň soutěže, nebo skutečnost, zda se jedná o klub licenční, nebo nelicenční. Kluby jsou oprávněny se losování zúčastnit.

Postupujícími do 4. kola jsou: FK Dukla Praha, Bohemians Praha 1905, SK Hanácká Slavia Kroměříž, FK Teplice, FC Hradec Králové, FC Zlín, FK Mladá Boleslav, FC Baník Ostrava, FK Pardubice, FC Viktoria Plzeň, FC Hlučín, SK Sigma Olomouc, AC Sparta Praha, SK Slavia Praha, FK Jablonec, FC SILON Táborsko.

MOL Cup 2024/2025 - výsledky 3. kola
  • SK Hořovice - FK Dukla Praha 0:6 (42. a 55. Moulis, 78. a 84. Matějka, 27. Douděra, 62. Ludvíček)
  • MFK Vyškov - Bohemians Praha 1905 0:1 (82. Čermák)
  • SK Hanácká Slavia Kroměříž - 1.FC Slovácko 3:1 (38. Moučka, 78. Červenka, 90+5. Bartoš - 87. Kozák)
  • SK Líšeň 2019 - FK Teplice 1:3 (24. Vlasák - 21. Beránek, 48, Jokovič (vl.), 84. Radosta)
  • FK Loko Praha - FC Hradec Králové 0:1 (30. Griger)
  • SFC Opava - FC Zlín 1:2 (33. Omale - 39. Natchkebia, 64. Bránecký)
  • Spartak Police nad Metují - FK Mladá Boleslav 1:3 (45. Borůvka - 28. Jawo, 54. Mareček, 68. Žitný)
  • FK Varnsdorf - FC Baník Ostrava 1:3 (57. Firbacher - 6. Buchta (pen.), 80. Ewerton, 89. Kubala)
  • SK Zápy - FK Pardubice 1:2 (3. Duben - 9. Fousek, 58. Zifčák)
  • FK Viagem Ústí nad Labem - FC Viktoria Plzeň 3:4 (16. Richter, 83. Černý, 85 Novotný - 13. a 56. Vašulín, 18. Kopic, 45+1. Paluska)
  • FC Hlučín - FC Slovan Liberec 1:0 (58. Moučka z pen.)
  • FK Viktoria Žižkov - SK Sigma Olomouc 0:2 (7. Šíp, 83. Emmanuel)
  • AC Sparta Praha - FC Zbrojovka Brno 4:0 (40. Krasniqi, 65. Pešek, 71. Daněk, 80. Rrahmani z pen.)
  • SK Benátky nad Jizerou - SK Slavia Praha 1:4 (90.+2. Žitka - 14. Chytil, 16. Konečný, 27. Wallem, 31. Bužek)
  • ČSK Uherský Brod - FK Jablonec 0:1 (6. Hurtado)
  • FC SILON Táborsko - SK Dynamo České Budějovice 2:0 po prodl. (118. Koné, 120+2. Barac)