V osudí bude sedmadvacet vítězů druhého kola a pět prvoligových týmů, které vstoupí do soutěže až právě ve třetím kole. Jde o Spartu, Slavii, Plzeň a Bohemians coby české zástupce v soutěžích UEFA a Liberec coby vítěze prostřední části minulého ligového ročníku.

Do třetího kola už se nepodívá prvoligová Karviná, která ve druhém kole prohrála na hřišti Uničova, účastníka MSFL.

Oficiálním termínem pro zápasy 3. kola je středa 27. září.