Oficiálním termínem pro zápasy 3. kola je středa 27. září, ale zápasy se budou hrát v různých termínech v průběhu září, října i listopadu. 

Na úvod třetího kola se utká divizní Kladno s libereckým Slovanem. Kladno má za sebou v tomto ročníku už tři zápasy, když v předkole vyřadilo Tempo Praha po výhře 3:2. V prvním kole vyhrálo 1:0 nad Královým Dvorem a ve druhém kole porazilo 2:1 Varnsdorf. 

Druhým úterým zápasem je souboj Mladé Boleslavi s Prostějovem. Prvoligový favorit ve druhém kole porazil 4:2 Ústí nad Labem. Prostějov v prvním kole vyhrál 26:0 nad Řepištěm, následně zdolal Znojmo 4:2. 

Oba finalisté minulého ročníku, Slavia i Sparta, zasáhnou do třetího kola ve středu 27. září v 16:00. Slavia bude hrát Kroměříži, Sparta v přímém přenosu ČT sport nastoupí v Líšni. Ve stejný den můžete od 18:00 sledovat na ČT sport plus také zápas mezi Jihlavou a Hradcem Králové. 

Čtyři zápasy jsou na programu až v říjnu a utkání mezi Budějovicemi a Chrudimí dokonce až 1. listopadu.

Los 3. kola MOL Cupu 2023/2024:

SK Kladno - FC Slovan Liberec
(26. 9., 16:00)		 FK Mladá Boleslav - 1.SK Prostějov
(26. 9., 17:00)
SK Zápy - FC Baník Ostrava
(27. 9., 15:30)		 TJ Jiskra Domažlice - FK Jablonec
(27. 9., 15:30)
SFC Opava - FC Zbrojovka Brno
(27. 9., 15:30)		 FC Slovan Velvary - FK Pardubice
(27. 9., 15:30)
SK Hanácká Slavia Kroměříž - SK Slavia Praha
(27. 9, 16:00)		 SK Líšeň - AC Sparta Praha
(27. 9., 16:00, ČT sport)
MFK Vyškov - FK Teplice
(27. 9., 16:00)		 1.FC Slovácko - FK Dukla Praha
(27. 9., 18:00)
FC Vysočina Jihlava - FC Hradec Králové
(27. 9., 18:00, ČT sport plus)		 FK Viktoria Žižkov - SK Sigma Olomouc
(11. 10., 15:00)
SK Uničov - FC Zlín
(11. 10., 15:00)		 SK Sparta Kolín - Bohemians Praha 1905
(11. 10., 15:30)
FC Viktoria Mariánské Lázně - FC Viktoria Plzeň
(12. 10., 16:00)		 SK Dynamo České Budějovice - MFK Chrudim
(1. 11., 17:00)