Novotný má nyní ve Vestci u Prahy svou fotbalovou akademii pro malé fotbalisty, je patronem fotbalové reprezentace do jednadvaceti let a na starosti má i starou gardu pražské Sparty. A za Vestec stále aktivně hraje.

S fotbalem začínal Novotný ve Stochově. Od 14 let pak hrál za Spartu, kterou opustil pouze na jaře 1999, kdy hostoval ve Slovanu Liberec.

V únoru 2003 byl uvolněn do ruského prvoligového týmu FK Rubin Kazaň, po dvou letech se ale vrátil do Česka, do druholigového Mostu, kterému pomohl k postupu do první ligy.

V lednu 2007 z Mostu odešel na hostování do Blšan a poslední dvě sezóny své profesionální kariéry odehrál ve slovenském Ružomberoku a druholigové Dukle.

V nejvyšší československé a české fotbalové lize odehrál 404 zápasů a vstřelil 31 gólů. Za Spartu nastoupil v první lize k více než 360 zápasům, v evropských pohárech odehrál v rudém dresu 83 zápasů. A tituly má z let 1987-2003.