Do třetího kola poháru se zapojuje všechny prvoligové celky, které se tak poměří s osmi protivníky, kteří prošli do této fáze soutěže. Program začne dvěma zápasy v pátek. Teplice, které si v předchozím kole poradily s pražským týmem Bellatrix, budou hostit Liberec. Českobudějovické Dynamo se doma postaví FC Praha.

V sobotu se pak Sigma Olomouc utká s vedoucím týmem FORTUNA=LIGY, Spartou. Baník Ostrava se bude snažit postoupit přes Pardubice. Loňský finalista, Slovácko, se představí v Hradci Králové. Uherský Brod, který překvapil výhrou nad Líšní, se bude snažit přehrát další brněnský tým, Lokomotivu. Až ve čtvrtek večer si zajistila postup Dukla přes Jílové a hned v sobotu se poměří s Plzní. Druhé překvapení 2. kola, Zlíchov, se postaví Slavii, obhájkyním pohárového vítězství, až v polovině února. 

Výsledky 2. kola Poháru FAČR žen:
FC Jílové - FK Dukla Praha 0:5
DFA Roudnice nad Labem-Hrobce - SK Dynamo ČB 2:9
DFK Bellatrix Praha - FK Teplice 1:3
FK Zlíchov 1914 - Prague Raptors FC 4:1
ABC Braník - FC Hradec Králové 2:9
ČSK Uherský Brod - SK Líšeň 2:0
TJ Hradiště - SK Sigma Olomouc 3:6
TJ Sokol Holasovice - FC Baník Ostrava 1:2

Program 3. kola Poháru FAČR žen:
FK Dukla Praha – FC Viktoria Plzeň
SK Dynamo ČB – FC Praha
FK Teplice – FC Slovan Liberec
FK Zlíchov 1914 – SK Slavia Praha
FC Hradec Králové – 1.FC Slovácko
ČSK Uherský Brod – Lokomotiva Brno H.H.
SK Sigma Olomouc – AC Sparta Praha
FC Baník Ostrava – FK Pardubice